Las Ligas agrarias Cristianas (LAC) se habían organizado en los primeros años de la década de 1960. Dichas organizaciones, inspiradas en los valores evangélicos, organizaron organizaciones cristianas de base, que realizaron importantes acciones en materia de solidaridad, en la producción cooperativa y la organización comunitaria como chacras comunitarias, almacenes comunitarios y comercializacion en dicho carácter. Las Ligas, además de organizaciones gremiales, organizaron colonias basadas en la autoayuda e intervinieron en la educación, creando una propuesta de educación bilingüe y activa, multigrado, que era novedosa y alternativa al currículo escolar autoritario del régimen, excluyente en relación a la cultura campesina. La actividad de las Ligas creó islas de libertad en medio de un régimen despiadado. Pronto, los campesinos se animaron a realizar manifestaciones en las calles, a cuestionar los sistemas tradicionales de mercadeo y mando político, y a proponer un cambio social en el que los campesinos no serían los marginales. Iniciada la tarea organizativa y de concienciación, comenzaron los hostigamientos por parte de las autoridades de las compañías, los dirigentes de las seccionales coloradas o por las autoridades policiales de las poblaciones donde funcionaban las LAC. La ola represiva llegó hasta el departamento de Paraguarí, al sitio de la localidad de Simbrón Cue. Los habitantes del lugar fueron sitiados por las tropas del Comando de Artillería, quienes cometieron abusos contra la población civil, en especial niños y mujeres, pues los varones fueron detenidos arbitrariamente sin mediar orden judicial alguna y remitidos algunos a la Delegación de Gobierno en Paraguarí y otros al Departamento de Investigaciones en Asunción, en donde fueron torturados.

A comienzos de los años 60, fue tan dinámico el proceso de crecimiento y establecimiento de las Ligas Agrarias en todo el país, que ante tal crecimiento se hizo imperiosa la necesidad de conformar organizaciones a nivel nacional. En 1964 se reunieron y constituyeron la FENALAC (Federación Nacional de Ligas Agrarias Cristianas); la reunión se realizó en la parroquia Domingo Savio en la ciudad de Fernando de la Mora. En dicha comisión se encontraban representantes de todas las regiones del país. Las represiones a las Ligas Agrarias tienen dos etapas: la primera, que va hasta 1970 (aproximadamente), en que las acciones policiales eran locales, es decir, los dirigentes eran detenidos en comisarías u otras dependencias de la zona. Generalmente en estas acciones no se hacía uso de métodos muy violentos. A partir de 1970 la persecución ya adquiere otro carácter, siendo la acción de las fuerzas policiales-militares mucho más amplias y violentas, llegando en 1976 a su punto máximo con la represión a la OPM, motivo que justificó la destrucción de las organizaciones campesinas y la eliminación de muchos de sus dirigentes”.

Una de las acciones más significativas de las Ligas Agrarias fue la creación de almacenes de consumo, o "Jopói", en los cuales se vendían los productos muchos más baratos que en los comercios habituales de los pueblos. Dicha competencia arrancó el celo y la denuncia de los comerciantes que estaban vinculados al partido de gobierno. Otra de las acciones que molestó al Gobierno, pues implicaba un fuerte desafío a su política educativa, fue la experiencia de la escuelita campesina. Sobre su significado dice una de sus maestras, Estela Pereira Benítez, quien enseñaba en la que funcionó en la casa de Constantino Coronel, que en primer lugar se rezaba, luego escribían todos al mismo tiempo con base en su realidad. Además, no se exigían los formalismos de la escuela oficial, por lo que los niños podían ir sin restricción alguna.

Ante la propuesta de reflexión y autodeterminación ciudadana, la respuesta fue la abolición de la comunidad. Con ellos no solo se procedió solamente a la cárcel y a la tortura, los detenidos y todos los miembros de su familia, toda la población perdió su hogar, sus pertenencias, su tierra, su escuela, su iglesia, sus chacras, su comunidad y su vecindario. Fueron despojados y arrojados a la diáspora. Los victimarios realizaron un indiscriminado pillaje de los bienes de la población expulsada. El ataque militar y policial a la comunidad de Jejuí, zona conocida como Yvypé, colonia San Isidro, distrito de Lima, departamento de San Pedro, fue realizado por una tropa no menor a 120 efectivos, con exposición y utilización de armamento militar sobre una población civil en la madrugada del 8 de febrero de 1975. El operativo tiene la forma de una acción de guerra sobre una población civil desarmada. La operación fue desarrollada con pleno logro de sus fines operacionales, había sido planificada durante mucho tiempo, con asesoramiento de expertos americanos, contó con buena información de inteligencia, con excelente colaboración de las agencias de inteligencia militar y policial, con amplio despliegue logístico, y previa intimidación mediática y propagandística. Contó con la colaboración franca, abierta e institucional del partido de gobierno, con la colaboración de varios organismos civiles del Estado, de la Administración central, con la aquiescencia de varios exponentes de la sociedad civil, en lo que podríamos considerar una “acción anunciada” y conocida por los líderes de la comunidad, aun cuando es notorio que sus habitantes decidieron no tomar ninguna precaución defensiva, ni ofrecieron resistencia armada alguna, ni amparo jurídico, ni de ningún tipo.

Fueron sorprendidos y capturados de sus camas a las 04:00 de la madrugada hombres, mujeres y niños en un número superior a los 400 del total de 500 habitantes de la Comunidad. Durante el sitio de la Colonia de Jejuí, las tropas del Gobierno cometieron todo tipo de atropellos, y abusaron de su autoridad en contra de los habitantes que estuvieron prácticamente durante tres meses bajo un régimen de campo de concentración, en ese sentido, la falta de asistencia médica y de una alimentación adecuada produjo muerte. En el caso Jejuí se produjo el sitio de la colonia, la detención arbitraria de más de 100 personas, entre los cuales estaban religiosos, además de haber sido herido el padre Braulio Maciel. Dichas tierras luego fueron despojadas en forma ilegítima pues habían sido compradas por los integrantes de las LAC. Los colonos trasladados hasta el Departamento de Investigaciones fueron brutalmente torturados.

Se denominó así a la brutal represión que se originó en el descubrimiento de la Organización Política Militar (OPM), en abril de 1976. Al respecto, se puede mencionar que el régimen venía indagando a algunos dirigentes campesinos sobre sus contactos con dirigentes de otras organizaciones opositoras al régimen. El 4 de abril de 1976 la policía stronista detuvo a los primeros dirigentes de la Organización Política Militar, como en los días siguientes, el archivo de la organización cayó en manos del Departamento de Investigaciones de la Policía de la Capital. Ante el descubrimiento de la OPM, el sistema de seguridad buscó en todos los sectores que hacían una contestación al régimen, vínculos con la organización. Dicha circunstancia le permitió a la policía stronista extender la represión a las Ligas Agrarias Cristianas en todos los departamentos del país en donde las mismas habían actuado. A mediados de abril de 1976, el comisario Camilo Almada Morel, más conocido como “Sapriza”, se instaló en la sede de la Delegación de Gobierno de Misiones, en el edificio conocido como Abraham Cue. Ese local sería el escenario de las más terribles torturas a las que fueron sometidos los dirigentes e integrantes de las Ligas Agrarias Cristianas. Con la ayuda de las fuerzas militares de la División de Infantería con sede en San Juan Bautista de las Misiones, fueron detenidos arbitrariamente, sometidos a todo tipo de vejámenes y a condiciones insalubres de detención.

El 4 y 5 de abril de 1975, las tropas de la II División de Infantería, con asiento en Villarrica, bajo órdenes del general Otelo Carpinelli, destruyeron 57 viviendas de campesinos que habían adquirido tierras de la Compañía Forestal Hispano Paraguaya. Esta empresa recibió una mejor oferta y para deshacer el contrato anterior, amedrentó al los primeros compradores y luego los hizo expulsar por fuerzas militares. Siete dirigentes campesinos fueron arrestados en dicho cuartel militar. Vivían unas 1.300 familias en la Colonia Yhû, siendo incendiados sus ranchos y expulsados los campesinos. Este desalojo forzoso constituyó una grave violación al derecho a la vivienda, además del derecho a la libertad y la integridad personal violentados. Los campesinos se negaban a salir de las tierras que les habían sido vendidas por la compañía Hispano Paraguaya, que en busca de una mejor ganancia por sus tierras, quería deshacer el trato para venderlas a un grupo brasilero. Estos hechos de violaciones de derechos humanos por parte de militares fueron denunciados por los campesinos. En represalia, en el mes de mayo miembros de la colonia fueron detenidos y torturados en la II División de Infantería y en la comisaría de Caaguazú. Doroteo Grandel, uno de los líderes, fue preso y torturado, y más tarde, ya libre, en 1978, fue ejecutado extrajudicialmente en una emboscada donde la policía estuvo involucrada. Ninguno de estos campesinos fue sometido proceso judicial en sus detenciones.

Otra comunidad ejemplar de las LAC fue Acaraymí. Sobre la destrucción militar de esta comunidad hay testimonios sólidos. Los primeros años fueron bastante duros: además de lo inhóspito de la selva del Alto Paraná, eran amedrentados por la esposa del general Ramos Jiménez, quien reclamaba la posesión de dichas tierras. En noviembre de 1972, Centurión fue detenido, y permaneció recluido hasta 1976, año en que volvió para reorganizar la colonia. Los campesinos deciden en asamblea ocupar la oficina del Instituto de Bienestar Rural en Caaguazú, para denunciar los atropellos surgidos del conflicto de tierras. El 7 de marzo de 1980, un grupo de veinte pobladores de Acaray. El aparato represivo se movió rápidamente y se movilizaron militares con helicópteros, policías, el personal de Investigaciones y milicianos colorados que peinaron la zona en la cual se habían introducido, los acusados de asaltantes, luego de guerrilleros y finalmente los que quebrantaron la Ley 209. En ese procedimiento fueron detenidos 57 campesinos y de acuerdo a los testimonios, al menos diez fueron asesinados. Los detenidos fueron trasladados al Departamento de Investigaciones y a la Dirección Técnica del Ministerio del Interior. Fueron procesados 14 campesinos por delitos de homicidio frustrado, heridas, asalto a mano armada, usurpación de autoridad y robo. Tres años después, el juicio fue caratulado como violación de la Ley 209. El gobierno liberó a los últimos seis protagonistas del caso Caaguazú tras una huelga de hambre, el 2 de enero de 1985.