La responsabilidad de las instituciones policial, militar y partidaria, en las violaciones de derechos humanos, fue mencionada por las víctimas que brindaron testimonio, aunque muchas solo reconocieran al nivel inferior de la cadena de mando. Los torturados señalan a un 13,5% de civiles del Partido Colorado, 15,6% a militares y el 70,9% a policías. El primer responsable es el Estado, como conjunto de autoridades e instituciones que ejercen el poder político en la sociedad nacional en las funciones política-administrativa, legislativa y jurisdiccional, pues, conforme a la doctrina y al derecho nacional e internacional, tiene la obligación de respetar y garantizar todos los derechos de las personas sujetas a su jurisdicción.

El Poder Ejecutivo, ejercido en forma unipersonal por el presidente de la República Alfredo Stroessner, tuvo responsabilidad directa, personal e institucional como Jefe Supremo de Estado y Jefe de Gobierno, teniendo a su cargo la administración general del país, dirigiendo exclusivamente las relaciones exterioresde la República y siendo Comandante en Jefe de las FuerzasArmadas de la Nación y responsable de las fuerzas policiales de todo el país.

La Policía que ejercía la función de custodiar la seguridad interna a nivel nacional, bajo el mando directo del Presidente, tuvo responsabilidad institucional y fue uno de los brazos principales de manera activa en la perpetración de las violaciones que menciona el informe de la Comisión de Verdad y Justicia. Las unidades policiales a las que cabe destacar, a título enunciativo y no taxativo, son el Departamento de Investigaciones de la calle Presidente Franco de Asunción, a la Dirección Nacional de Asuntos Técnicos (la famosa Técnica), al Departamento Central, a las Comisarías Seccionales de la Capital (la tercera, la octava, la séptima, la del barrio Chacarita, entre otras), a las Comisarías del interior y a las Delegaciones de gobierno dependientes directamente del Presidente a través del Ministerio del Interior.

Las Fuerzas Armadas de la Nación comandadas por el general de Ejército Alfredo Stroessner, cuya función constitucional era la defensa de la soberanía y la integridad territorial de la República, fue el otro brazo ejecutor de la represión interna violatoria de los derechos humanos que surge del Informe de la Comisión de Verdad y Justicia.

El informe Final señala la responsabilidad institucional de la administración pública y personal, política y moral de los ministros, responsables de entes autárquicos y empresas del Estado y funcionarios públicos, que sostuvieron y colaboraron con el sistema, cuya política de Estado fue la violación sistemática y generalizada de derechos humanos de acuerdo a su jerarquía, en la medida y grado en que sus actuaciones contribuyeron para el mantenimiento del mismo.

La Comisión de Verdad y Justicia señala que el Poder Legislativo durante el gobierno de Stroessner es responsable política y moralmente de manera pasiva por su silencio u omisión y, tolerancia por la violación de los derechos humanos cometidas por el Poder Ejecutivo y, en forma activa y directa, por la sanción de leyes liberticidas como la número 294 “De defensa a la democracia”, la Ley 209 “De defensa de la paz pública y la libertad de las personas” Y por la promulgación arbitraria así como la negativa de reglamentar el estado de sitio, creando un marco legal que favoreció la violación impune de la vida, la libertad personal y el derecho a la defensa en juicio de miles de paraguayos.

El Poder Judicial tuvo responsabilidad institucional aplicando la ley de manera arbitraria, consagrando la impunidad de los perpetradores y negando el derecho a la libertad y al debido proceso a miles de paraguayos que recurrieron vanamente al mismo. La Comisión de Verdad y Justicia indica la responsabilidad directa de la Corte Suprema de Justicia como tal y personal de sus integrantes, ante los pedidos de hábeas corpus formulados a favor de paraguayos que sufrían prisiones de años y décadas en absoluta incomunicación y en condiciones inhumanas, basada en una interpretación perversa, según la cual el estado de sitio suprimía el hábeas corpus, con lo cual se condenaba a las víctimas a prisiones por tiempo indefinido y sin proceso. La Comisión de Verdad y Justicia demuestra la responsabilidad institucional y personal de jueces de primera instancia y camaristas de tribunales de apelación que rechazaron acciones de amparo presentadas a favor de exiliados que deseaban volver a su tierra transgrediendo el Artículo 54 de la Constitución Nacional vigente.

En cuanto a los partidos políticos, la Comisión de Verdad y Justicia señala la responsabilidad institucional de la Asociación Nacional Republicana (Partido Colorado) –con la honrosa disidencia y resistencia a la dictadura del Movimiento Popular Colorado (Mopoco) y de la Asociación Nacional Republicana del Exilio y la Resistencia (ANRER)- , en la política del gobierno del general Stroessner en cuanto a las violaciones de derechos humanos. Por ser sostén político y colaborador del régimen en forma oficial con ocho postulaciones presidenciales, propiciador de la SÌntesis y CaracterizaciÛn del RÈgimen 1954 - 2003 88 modificación constitucional para el vitaliciado y apoyando la “unidad granítica” del partido con las Fuerzas Armadas y el único líder.