Los 35 años de dictadura del presidente Stroessner se sustentaron en un aparato legal que tenía varios instrumentos legales de subyugación, destacándose tres de ellos como los principales a ser usados, junto con otros mecanismos basados en legislación liberticida, que constituyeron la estructura represiva del régimen. Estos fueron: el Estado de sitio, la Ley Nº 294 de la Defensa de la Democracia, del 17 de octubre de 1955 y la Ley Nº 209, de la Defensa de la Paz Pública y Libertad de las Personas, del 15 de setiembre de 1970.

Aunque nunca hubo en el país hechos terroristas o grupos armados con posibilidades de lucha armada con capacidad real operativa militar, esta legislación se sustentaba en este supuesto imaginario para justificarse. Fue simplemente la necesidad de poner una fachada de pretendida legalidad a la serie de abusos y violaciones de derechos humanos que se cometieron a lo largo de las décadas de dominación del sistema stronista. Esto se sustentaba tanto en la trilogía de poder del Partido Colorado, las Fuerzas Armadas y el Gobierno en una misma identidad, alrededor de la persona del dictador, como en un Poder Judicial totalmente dependiente en su estructura y su funcionamiento práctico al Poder Ejecutivo, así como un Poder Legislativo sometido al Poder Ejecutivo, sin ninguna capacidad de incidencia en el mismo.

Las constituciones de 1940 y 1967 reconocían en sus textos los derechos humanos y sus garantías. Pero el sistema violó todos esos derechos y garantías mencionados en el Informe Final y que figuran en el marco constitucional y legal, en el derecho internacional de los derechos humanos, esteblecidos en convenios, tratados firmados y deliberadamente no ratificados. El gobierno de este régimen cívico-militar no acató el Estado de Derecho entendido en el sentido de que la ley rige para gobernados e igualmente para gobernantes. La discrecionalidad absoluta del Poder Ejecutivo se manifestó por un estado de excepción, que de tal carácter se transformó en permanente con el estado de sitio y que con la interpretación distorsionada de una Corte Suprema subordinada al Poder Ejecutivo suprimió la garantía fundamental del hábeas corpus y permitió la violación impune por parte de los órganos estatales y paraestatales de todas las libertades y sobre todo el derecho a la vida, la integridad física y la libertad personal, lo que explica que en esta época la detención de los presos políticos era por tiempo indefinido, en algunos casos por décadas, sin posibilidad de ejercer su defensa en un proceso legal.

En cuanto al Poder Judicial, por el sistema de designación a propuesta del Poder Ejecutivo y con la misma duración del mandato del gobierno, quedó totalmente sometido a la voluntad discrecional del Presidente de la República y jamás fue el recurso con que contaran los paraguayos para hacer respetar sus derechos fundamentales, como debe ser en una sociedad civilizada. A lo largo de la dictadura, se dio predominio del Poder Ejecutivo en la Constitución y en la práctica, ausencia de independencia del Poder Judicial y de separación de poderes. Los magistrados eran elegidos por el ministro de Justicia y Trabajo, dependiente del Poder Ejecutivo, durando cinco años en sus funciones, dependiendo entonces su reelección de la manera en que el Poder Ejecutivo evaluaba su actuación. Los jueces no se sentían en posición de igualdad cuando se enfrentaban con actos del ejercicio del poder del presidente o sus delegados. Al mismo tiempo, los seleccionados como jueces debían pertenecer al partido de gobierno, su afiliación política era una influencia determinante. El mismo criterio era usado para los demás miembros de la judicatura, como los fiscales y hasta el personal administrativo. Sin tener el apoyo de políticos influyentes del partido oficial era imposible ingresar o ir ascendiendo dentro del Poder Judicial. Por otra parte, cualquier desavenencia más o menos seria del magistrado con una figura poderosa del Gobierno, le podía costar el puesto si no se avenía a lo requerido. Incluso fue el legitimador de todas las arbitrariedades cometidas por un aparato represivo que sirvió, con su actuación impune, para perpetuar por tanto tiempo el terrorismo de Estado.

El Poder Legislativo durante el gobierno de Stroessner es responsable política y moralmente de manera pasiva por su silencio u omisión y, tolerancia por la violación de los derechos humanos cometidas por el Poder Ejecutivo y, en forma activa y directa, por la sanción de leyes liberticidas como la número 294, “De defensa a la democracia”; la Ley 209, “De defensa de la paz pública y la libertad de las personas”. Y por la promulgación arbitraria así como la negativa de reglamentar el Estado de sitio, creando un marco legal que favoreció la violación impune de la vida, la libertad personal y el derecho a la defensa en juicio de miles de paraguayos. A la responsabilidad institucional del Poder Legislativo, la Comisión de Verdad y Justicia agrega la responsabilidad personal de los parlamentarios que aprobaron las leyes represivas, con la honrosa excepción de parlamentarios que el 3 de abril de 1959 levantaron el Estado de sitio y defendieron las libertades públicas.