Los pueblos indígenas que habitan el país han sido víctimas del despojo continuado de sus territorios, antes, durante y después de la dictadura del general Stroessner, siendo el Estado el responsable porque le compete respetar y garantizar los derechos. El despojo de los territorios indígenas fue parte de una política del Estado fundada en el desconocimiento de los indígenas, como personas y como pueblos, negándoseles no solo el derecho de propiedad sobre sus tierras y territorios sino además derechos fundamentales como el derecho a la vida, a la identidad, a la libertad e integridad personales. No existen espacios adecuados de participación indígena en distintos niveles de gestión y decisión estatal y en la elaboración de políticas públicas.

Durante la dictadura de Stroessner se dio un total desconocimiento de la dignidad humana de los indígenas y se cometieron graves violaciones de los derechos humanos, como los ataques de civiles y militares contra comunidades de los pueblos Aché, Ayoreo, Maskoy y Toba Qom, como ejecuciones extrajudiciales de adultos y también de niños y ancianos, así como violaciones sexuales a las mujeres.

Otras prácticas contrarias a la condición humana impuestas a los indígenas y que ha conocido la Comisión fueron la apropiación de niños y niñas indígenas para ser destinados al criadazgo, a la venta u otras formas de servidumbre, como en el caso del pueblo Aché, así como el trabajo forzado u otras prácticas análogas a la esclavitud que afligieran a pueblos del Chaco, como el Enxet y el Maskoy. Otros casos refieren también a métodos de esterilización forzosa para prevenir nacimientos de niños y niñas indígenas aplicados con aquiescencia del Estado.