La más frecuente y permanente violación de los derechos humanos realizada por la dictadura fue la detención ilegal y arbitraria con el objetivo de mantener a la población subordinada a un régimen totalitario que aplicó mediante su aparato represivo una política de terrorismo de Estado. Según testimonios recogidos por la CVJ, de 19.862 detenidos, en el 91% predominó la ilegalidad: las personas fueron privadas de su libertad “por orden superior”, sin comunicársele el motivo de la detención, sin ser formalmente acusados de la comisión de ningún delito. No se especificaba la autoridad que había emitido la orden, ni se comunicaba el plazo de su detención que duraría “hasta nueva orden”. La persona no era informada sobre las garantías constitucionales que le asistían, dado que no tenía realmente ningún derecho. La detención ilegal y arbitraria se convirtió en la puerta de entrada de otras graves violaciones de derechos humanos como las torturas y otros tratos o penas crueles, inhumanas o degradantes, las desapariciones forzadas, las ejecuciones extrajudiciales y el exilio forzado o los cercos a comunidades campesinas que constituyeron formas colectivas de detención arbitraria e ilegal. Hubo más detenciones (20.820) que detenidos (19.862), porque el 10% de estos últimos fueron privados ilegal o arbitrariamente más de una vez. El régimen realizó en promedio 612 detenciones, a 584 personas por año, casi dos detenciones por día, durante 34 años. Esto representa a una cada 126 personas, una cada 63 personas adultas. Dada las características de su perpetración durante la dictadura, con este delito se afectó también a sus familiares, sus círculos de afinidad, a los gremios, a los partidos políticos, a la confesión religiosa, a vecindarios, comunidades campesinas y pueblos indígenas.

Por cada detenido durante la época stronista, se afectaron al menos a otras cinco personas; entre las víctimas (19.862) y los afectados indirectamente (99.312). Mediante las detenciones ilegales y arbitrarias, el régimen puso bajo coerción institucional a 119.175 personas, una por cada 21 habitantes dado que cada detención conllevaba frecuentemente el estigma, sospecha y persecución de la familia. Dado que solo la mitad de la población era adulta en aquel tiempo, la CVJ estima que una de cada 10 personas adultas fue afectada directamente o en forma indirecta por privaciones ilegales de la libertad.

La base legal del régimen para la aprehensión de las personas se fundaba en un permanente Estado de excepción, patente en el Estado de Sitio vigente largo tiempo en le República, el régimen adicionalmente formuló y aplicó leyes restrictivas de las libertades reputadas “liberticidas” o “represivas” por las víctimas. Estas leyes complementarias del Código Penal, la 295 y la 209, criminalizaban la opinión o convicción, la oposición política y la crítica social y eran tan ambiguas que entre los elementos subjetivos del tipo penal, incluía por ejemplo a quienes buscaban ‘dividir a la familia paraguaya’. Esto permitía las detenciones y procedimientos arbitrarios sobre las personas, violando sus derechos fundamentales. Las víctimas se encontraban privadas de los recursos constitucionales y penales para emprender su defensa. Según también se colige de los testimonios recogidos por la CVJ, de los más de diez y nueve mil detenidos y recluidos, diez y ocho mil fueron privados de libertad sin intervención de la justicia. La característica predominante de las detenciones fue su carácter ilegal, irracional, imprevisible y desproporcionado. Las personas, cuando no sufrieron violaciones de sus derechos, vivieron bajo un régimen de libertad precaria. El orden institucional conspiraba contra los derechos que debió garantizar. Una serie de recursos y procedimientos estatales sujetaban las personas al arbitrio e ilegalidad del poder.