Al mismo tiempo que la CVJ realizó un análisis general sobre las violaciones de los derechos humanos con enfoque de género a todo el Informe Final, se propuso como relevante revisar también de manera especial y haciendo hincapié en los hechos violatorios que afectaron específicamente a las mujeres. La inclusión de un enfoque de género en el análisis de la violencia política ejercida en contra de las mujeres identifica la represión y violencia por parte del Estado, las características de estas violaciones sufridas y la relación de dichas violaciones con un papel subordinado de las mujeres en la sociedad, así como la consideración de la ideología del régimen respecto al papel de ellas y de su influencia en las violaciones de que fueron víctimas. Un problema frecuente es la invisibilización de las violaciones contra las mujeres debido a este papel subordinado y la no consideración de la importancia de las violaciones y el estigma que acompaña a algunas de ellas, además de ser considerados como “normales” o “naturales” dichos hechos.

La Comisión de Verdad y Justicia intentó abarcar los diferentes mecanismos que utilizó el sistema represivo y se pudo registrar y sistematizar la forma de accionar de las fuerzas estatales contra los niños y niñas, las torturas físicas y psicológicas que sufrieron las personas, incluyendo los dolores extremos de la asfixia por inmersión en agua (pileteada) y la electricidad, la violación sexual por una o varias personas y otras situaciones, como las detenciones arbitrarias, los sitios militares a las comunidades y el exilio. También se pudo registrar la ejecución extrajudicial en niños y niñas víctimas de tortura o por falta de atención médica. El grupo de la CVJ obtuvo información de los niños nacidos en prisión y cuenta con un testimonio de gran importancia sobre la esclavitud sexual, de la cual eran víctimas algunas niñas, generalmente del interior del país. (Osorio, Julia; 2008) La situación de criadazgo y los niños soldados eran prácticas normales y cotidianas y posiblemente por esta razón las personas no se acercaron a dar su testimonio, y las que vinieron no los reconocieron como una violación de derechos humanos.

Como caso paradigmático, la CVJ presenta las violaciones que sufriera en el marco de crímenes de lesa humanidad el pueblo Aché, para seguidamente dar paso a la exposición de violaciones cometidas contra otros pueblos indígenas, presentando el testimonio de líderes y representantes de otros pueblos y organizaciones indígenas, que la Comisión entiende, ratifican la presencia durante la dictadura de un patrón continuo de exclusión y violencia estructural respecto a estos pueblos, fundado en el racismo y en la dinámica de la apropiación y despojo de recursos naturales de propiedad y posesión ancestral de los indígenas en el país.